أهم مواضيع محاضرة السيد جعفر فضل الله في مسجد الحسنين (ع): اختلاف النظرة الى السيد الايجابي منها كالعالم المجاهد الفقيه المفكر، والسلبي منها كالارهابي وغيره نظراً للزاوية التي ينظرون منها له أو الشبهة التي تعترض تفكيرهم - لا نستطيع أن ندرك السيد ، لأنه كان يتحرك في دائرة أوسع من نظرنا وربما نحن لا نعرف عظماؤنا الا بعد رحيلهم - أسرار أبعاد شخصية السيد ، التجديدية والعلمية وغيرها - أصالة الإسلام عنده تنبذ المذهبية ، الوحدوية عند السيد دين - لم يستفد الكثيرون منه لتعقيدات وعصبيات كثيرة - كان يتحرك بمنهجية علمية – كان ينظر الى المرجعية ، كساحة للدعوة وليس منصباً مقيداً بتقاليد مختلفة وذلك بأن يخدم الناس اقتداء برسول الله (ص) - مظلومية السيد للرسالة ، لا للشخص ، وعلينا أن نعي هذا الأمر جيداً حتى لا نظلمه نحن - أفحش الظلم على السيد أن يُمنع الناس من أن تقرأ فكره وكتبه وكذلك فإن تجهيله وتجاوزه ضرب لمسيرة التجديد برمتها فالذين سبّوا السيد ولعنوه وفسّقوه وضلّلوه لم يكتفوا بالسّيد بل تعدوه إلى الشهيد الصدر ومطهري وغيره – علينا الاستمرار بمسيرته وأن لا نجتزأه ، وأن ندرسه لنحيط بكل جوانب حياته الفكرية والعملية والعلمية - مسيرة الوعي مستمرة رغم الآلام والتخلف والجهل .